В феврале 1991 года при активном содействии Татьяны Андреевны Жараевой в библиотеке был открыт новый отдел – отдел автоматизации, первой заведующей которого была Мария Константиновна Матвеева. В этом же году были приобретены первые 5 персональных компьютеров, АС (автоматизированная система) «Библиотека», разработки ГИВЦ МК РСФСР. Система имела два модуля: комплектования и обработки. Так началось создание двух Электронных каталогов (основного и краеведческого фондов НБ), положивших начало Сводному каталогу библиотек республики. В последующие годы была спроектирована и установлена первая локальная сеть, приобретены новые компьютеры и принтеры, а у читателей появилось первое автоматизированное рабочее место (АРМ).

После ухода Марии Константиновны в ИЦ (Информационный центр) МВД республики, в 1993 году заведующей отделом назначена Полина Афанасьевна Дьячковская.

В 1995 году в среде СУБД Revelation разработаны БД «Краеведение (Статьи)» и программное обеспечение для работы с БД. В 1996 у НПО «Информ-Система» (Москва) приобретена сетевая версия АБИС «МАРК» с поддержкой формата USMARC, конвертированы записи из БД «Краеведение (Книги)» и «Краеведение (Статьи)».

Информатизация любой отрасли – процесс долгий, трудоемкий и высокозатратный.  По настоящему скачок в информатизации библиотек республики произошел, когда в 1998 году была разработана Концепция информатизации библиотечного дела Республики Саха (Якутия), а в декабре 1999 года постановлением Правительства Республики Саха (Якутия) утверждена ГЦП (государственная целевая программа) “Современные технологии хранения и обеспечение доступности информации в государственных библиотеках Республики Саха (Якутия) на 2000-2004 гг. “. Перед библиотекой стояла задача поэтапно, максимально эффективно освоить программные средства в размере 65 млн. рублей.

В 2000 году Национальной библиотекой была приобретена АБИС «OPAC_Global» с поддержкой коммуникативного формата RUSMARC, разработки ООО «ДИТ-М» (Москва). Была разработана программа-конвертер данных, на этот раз из двух систем – АС «Библиотека» и АБИС «МАРК». Электронные каталоги и БД были конвертированы в новую систему и запущен модуль «ПОИСК» для читателей. В 2003 году с приездом разработчиков из «ДИТ-М» установлены модули «КОМПЛЕКТОВАНИЕ», «КАТАЛОГИЗАЦИЯ», «ЗАПИСЬ ПОЛЬЗОВАТЕЛЕЙ/ЧИТАТЕЛЕЙ».

В этом же году была модернизирована ЛВС (локальная вычислительная сеть) библиотеки, подключены новые рабочие места, приобретены новые сервера, сетевое оборудование и лицензионное программное обеспечение. К юбилею библиотеки была запущена первая версия сайта Национальной библиотеки, открыт интернет-класс для пользователей.

Много компьютерной, серверной, сетевой и оргтехники, включая множительную, было приобретено для ЦБС республики.

В середине 2000-х годов связь в республике была все ещё очень слабой, интернет очень дорогим. Библиотекам нужно было создавать свои ресурсы, а работать на сервере Национальной библиотеки стабильно не получалось. В данных условиях было принято решение приобрести всем ЦБС АБИС “OPAC-Mini”. Начиная с 2006 года по 2014 год все 35 ЦБС были обеспечены АБИС.

В 2009 году была разработана программа создания корпоративной библиотечно-информационной сети (КБИС) республики. Она вошла как подпрограмма в ГЦП «Электронная Якутия» и в 2010 году получила финансовую поддержку. Поэтапно, с 2010 по 2015 гг. 30 центральных улусных библиотек, Центр для детей и юношества Национальной библиотеки, АГИКИ были подключены к сети. Программой было предусмотрено обеспечение библиотек компьютерной и оргтехникой, сетевым оборудованием, лицензионными программными продуктами, подключение библиотек к сети Интернет.

Были разработаны и утверждены регламентирующие документы, инструкции и правила по направлениям совместной деятельности.

На серверах Национальной библиотеки и АГИКИ были организованы хостинги сайтов 12 библиотек. В 2015 году впервые библиотеки Амгинского, Горного, Намского, Сунтарского, Нюрбинского, Верхоянского, Усть-Алданского улусов предоставили своим пользователям доступ к Электронным каталогам своей библиотеки из сети интернет.